يقوم هذا القسم بعلاج معظم أمراض جهاز البولي والتناسلي ، وإجراء جراحات خاصة بها باستخدام الأجهزة الحديثة مثل جهاز المنظار لتفتيت حصوات الكلي ،وتفتيت حصوات الحالب والمثانة ،واستئصال البروستاتا بالمنظار وبالجراحة وكذلك إزالة حصوات المسالك البولية وعلاج أمراض الذكورة والعقم عند الرجال على أيدي كادر طبي متخصص ، ويستقبل قرابة عشرة حالات يوما وقد قام بعون الله بعلاج حالات كثيرة مثل استئصال ورم الكلى ،وإصلاح مجرى البول في الأطفال والكبار جراحيا وكذلك تجميل حوض الكلى . ويتميز هذا القسم أنه المكان الوحيد في جيبوتي الذي فيه مناظير المسالك البولية لإزالة الحصوات واستئصال البروستاتا بالجراحة وبالمنظار